Proces uspostavljanja sistema u Republici Srbiji još uvek je u toku, tako da su do sada uključene institucije i definisane njihove nadležnosti, na nacionalnom, regionalnom i lokalnom nivou. Za funkcionisanje ovog sistema nadležno je Ministarstvo poljoprivrede i zaštite životne sredine koje je uspostavilo i organizacionu strukturu za FADN koja podrazumeva sledeću organizaciju: